Die geologische Geschichte vom Napf begann vor ca.23 Millionen Jahren. Riesige Mengen Erosionsschutt wurden von den Alpen durch Urfluss-Systeme ins Mittelland verfrachtet.Die untere Süsswassermolasse entstand. An den Stellen an denen Grosse Flüsse Deltas bildeten errichteten sie riesige Schwemmkegel/Nagelfluh Fächer wie den Napf und das Hörnli. Das Geröll wurde über lange Zeiträume verdichtet und wurde durch Kalziumkarbonat oder Kieselsäure zusammenbetoniert. Vor ca. 22-16 Millionen Jahren senkte sich das Mittelland und wurde zum Meer. Die in dieser Zeit entstandenen Ablagerungen werden als obere Meerwassermolasse bezeichnet. Danach hob sich das Mittelland wieder an, das Meer zog sich wieder zurück. In den folgenden Zeit 16-5 Millionen Jahre baute sich der Schuttfächer um weitere 1500 Meter Schichtdicke auf. Diese Schicht wird als obere Süsswassermolasse bezeichnet und beherrscht den grössten Teil der Heute sichtbaren Napfschüttung. In tieferen Schichten vor allem am westlichen Rand treten auch Schichten der oberen Meerwassemolasse zutage. Durch den Transport bedingt lagerten sich im südlichen Teil grössere Korngrössen ab als im Norden. In den letzten Eiszeiten war das Napfbergland nur am Nordrand mit Eis bedeckt, der Gipfel und weite Teile waren Eisfrei. Durch lange andauernde, ungestörte Erosionsprozesse konnten einmalige tiefe Schluchten entstehen und geben dieser Region Ihr einmaliges Aussehen. Die Bäche vom Napf entwässern in die Emme, in die kleine Emme, in die Wigger und Langete.
Diverse Napfkiesel aus der grossen Fontanne